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ushi-goroshiの雑記帳

統計や機械学習の話題を中心に、思うがままに

遺伝的アルゴリズムで変数選択を行うパッケージ

R 遺伝的アルゴリズム 変数選択

遺伝的アルゴリズム(GA)をRで実行するためのパッケージを探していたら、GAによる変数選択という非常に興味深いものを発見した。パッケージ名はGALGO。Genetic Algorithms to solve Optimization problemsらしい。早速使ってみたが、インストールに少し手間取ったので備忘として残しておく。

初めに成功したパターンを記載する。基本的にこちらのページに書いてある通りで良い。

Galgo For R 3 | Cátedra

"R.oo"や"R.methodsS3"、その他の必要なパッケージを予めインストールしておき、ダウンロードしておいたgalgo_1.2.tar.gzをソースからインストールするだけ。
CRANではなくソースからインストールする場合は、ソースが置いてある場所までsetwdした後に

install.packages("galgo_1.2.tar.gz", repos=NULL, type="source")

とすれば良い。


では何に手間取ったかというと、「galgo r example」などでGoogle検索した際にトップに表示される下のページ:

Supplementary Material - GALGO: An R Package For The Development Of Multivariate Statistical Models using a genetic Algorithm based variable selection strategy

こちらに記載されている通りに進めると、古いバージョンのgalgoがリンクされていることから.tar.gzの中にNAMESPACEファイルが存在していないため、一度解凍したのちにNAMESPACEファイルを作成して再び圧縮する必要がある。

tar -xvf galgo_1.0-10.tar.gz
cd galgo
echo 'exportPattern( "." ) > NAMESPACE
cd ..
tar -zvf galgo_1.0_10mod.tar.gz galgo

こんな感じ。
ここまで進めて、さぁインストールするぞ!と思ってinstall.packages()を実行すると、エラーの嵐でインストールできない。Rのバージョンの問題なのかもしれないが未解決。

その後、再度他のページを探した結果、最初に紹介したページに行き着いてインストールが無事にできた。使用感はいずれ。